1985 bis 1994
1989
Nach dem Fall der Mauer am 9. November 1989 halfen die Johanniter den DDR-Flüchtlingen durch den Aufbau von Notunterkünften. Andere Bürger der DDR, die in der ersten Begeisterung über die langersehnte Reisefreiheit Würzburg in Tagesausflügen besuchten, wurden von den Johannitern begrüßt und auf Großparkplätze gelotst, um den starken Besucherverkehr einigermaßen in Bewegung zu halten.
Auch in Rumänien halfen die Würzburger Johanniter die Folgen der politischen Umwälzung für die Menschen erträglicher zu gestalten.
1993
Von September 1993 bis Juli 2012 wurden auch die jüngeren Schüler der Montessori-Schule in Kloster Oberzell von den Johannitern mit elf Kleinbussen befördert.
1994
Nach einer Konsolidierung der vorhandenen Tätigkeitsgebiete erweiterten die Würzburger Johanniter ab 1994 ihre Dienste um eine Sozialstation, einen Mobilen Hilfsdienst und den Hausnotruf.